SFTP و FTPS هر دو پروتکل انتقال فایل امن هستند که با رمزگذاری داده ها، آن‌ها را در برابر تهدیدات امنیتی محافظت می‌کنند. اما SFTP از پروتکل SSH برای رمزگذاری و احراز هویت داده‌ها استفاده می‌کند. FTPS یک نسخه بهبود یافته از FTP است که با استفاده از پروتکل SSL/TLS، یک لایه رمزگذاری به FTP اضافه می‌کند.