فول استک دولوپر همچنین دارای چالش‌ها و معایبی است که باید در نظر بگیرید. این معایب ممکن است روی کیفیت کار، رضایت شغلی و رشد حرفه‌ای فول استک دولوپر تأثیر منفی بگذارند. از معایب فول استک دولوپر می‌توان به حجم کاری زیاد، نیاز یادگیری مهارت‌های متنوع هم برای فرانت‌اند و هم بک‌اند، عمق اطلاعات کمتر نسبت در برخی حوزه‌ها و غیره اشاره کرد.